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En cuanto a selecciones nacionales, Motagua es el club hondureño que más jugadores ha aportado a la Selección de Honduras en Copas del Mundo -once en total- y Copas América -seis en total-, camiseta entrenamiento valencia y el segundo que más lo ha hecho en Copas de Oro -cuarenta y uno en total-. En total, 41 jugadores motagüenses han estado presentes en las convocatorias con las que la selección hondureña ha disputado la Copa de Oro. También se añade el Parc Olympique Lyonnais, estadio del club francés Olympique de Lyon pero solo estará disponible para el modo de juego de Patada Inicial de la final de la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2019 y en el Modo Carrera. El Estadio Nacional es la casa oficial del Motagua. El estadio fue construido durante el mandato del presidente Tiburcio Carías Andino, y se inauguró el 15 de marzo de 1948 con un encuentro de béisbol entre las escuadras de Honduras y la república de Cuba. De esa forma, fue el club hondureño que más jugadores aportó a la selección hondureña durante esa edición. El primer entrenador que tuvo Motagua fue el hondureño Daniel Bustillo -uno de sus fundadores-, quien dirigió el primer partido del club en su historia, así como otros partidos amistosos disputados entre 1928 y 1929 -incluido el primer enfrentamiento contra Olimpia de la historia-.
Mizzin fue destituido en 1938 y, en su reemplazo, el también húngaro, Jacobo Kosovich, quedó designado como entrenador del club. El himno de Motagua fue publicado en el sitio web oficial del club el 18 de septiembre de 2013 y lleva por nombre «Mi Corazón». Motagua tiene 17 títulos, la segunda mayor cantidad de títulos de campeonato y segundo más popular del país solo por detrás del Olimpia. Tanto en el amateurismo como en el profesionalismo, una gran cantidad de entrenadores han pasado por la institución. Un juego clásico es el que enfrenta a dos clubes con cantidad de títulos similar, historia y rivalidad. Pero esta separación solo duró dos años y se volvieron a unir ambos clubes el 21 de noviembre de 1926 creándose un nuevo club, la Unión Deportiva Burgos. No obstante, la vinculación con la entidad católica continuó siendo estrecha durante muchos años y reduciéndose poco a poco, conforme el Gimnástico maduraba y se convertía en un equipo relevante de la ciudad.
Seis años después, durante el Torneo Clausura 1998, camiseta del valencia cf Ramón Maradiaga -conocido popularmente como «Primi»- alcanzó el primer bicampeonato en la historia de Motagua. Obi ganó el Balón de Plata después de haber sido votado en el torneo como segundo mejor jugador. El «Popo» -como se le conocía en el ámbito futbolístico- también tuvo una destacada trayectoria como jugador del club. El resultado de ese partido fue de 2-0 a favor del Hércules. Debutó en la Serie A el 25 de agosto, en la fecha 1 de la temporada, contra el Bolonia (con el resultado de 3 a 0 favorable a los napolitanos). El 10 de mayo de 1947 se considera una fecha de vital importancia para el resurgimiento de la FIFA y del fútbol mundial, gracias a la realización del encuentro amistoso entre la selección británica y un combinado de futbolistas europeos, el Resto de Europa XI, en el denominado Partido del Siglo. Hasta principios del siglo XX se creía que el desarrollo humano se basaba en cuestiones raciales. Desde 2010 hasta 2012, Motagua apoyó la Fundación Hondureña contra el Cáncer de Mama, por lo que durante esos años, el tercer uniforme fue de color rosado.
El máximo goleador en la historia de Motagua es Rubilio Castillo -con 99 goles- quien ha tenido, hasta el momento, tres pasos por el club. Tanto le llamó la atención la pareja, que no paró hasta trabar conversación con ellos; cosa facilísima, pues aquellos excelentes sujetos creían lo más natural del mundo que se comunicaran ideas e impresiones, muy particularmente cuando se gozaba en común del espectáculo de lo bello. Este proceso se repitió hasta que todos los bombos se vaciaron o hasta que sólo quedaron equipos en un bombo, en cuyo caso los equipos restantes se emparejaron entre sí, jugando la ida en casa el equipo que salga en primer lugar. En este caso, fue Lurio Martínez quien estuvo al mando del destino futbolístico de la institución. La propuesta futbolística de Drašković, apoyada en el buen rendimiento del elemento, comenzó a visibilizarse desde 1993, año en que Ecuador -sede de la Copa América- obtuvo el cuarto lugar en dicha competencia. La selección hondureña sólo ha disputado una edición de la Copa América, en la que participó en condición de selección invitada.