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En la temporada 12/13, al llegar al descanso navideño, el equipo gallego es colista de Primera con solo 12 puntos en su haber y el club decide despedir a José Luis Oltra, que fue relevado por Domingos Paciência. La temporada 2012-13 la termina el Rayo en 8.ª posición con 53 puntos, siendo la mejor temporada (tanto en puntos como en clasificación) de la Historia del equipo, que además practicó un hermoso fútbol de ataque. La cuarta temporada seguida del Rayo en Primera División. El día 22 de mayo de 2011 logran matemáticamente el ascenso a Primera división ganando 3-0 al Xerez. El 25 de mayo de 2012 el club anuncia la no renovación del entrenador José Ramón Sandoval, pese haber cumplido con el objetivo de la permanencia. El 5 de mayo de 2011, ante la presión económica y el rechazo continuo de la afición, se hace oficial la venta del club al empresario madrileño Raúl Martín Presa, que se hace con el 98,6% de las acciones. Por esta razón, el entonces Presidente del club Ramón Leonarte y la junta directiva buscaron parcelas en venta para construir un nuevo campo para el equipo. El 23 de julio, los nuevos propietarios deciden prescindir de Jesús Fraile, camiseta juventus 2025 gerente del club desde 2006 y muy cercano a la familia Ruiz-Mateos.
Este año se incorporan a la plantilla grandes jugadores de equipos de Primera como David Aganzo, el ya mencionado David Cobeño, Jofre, Serrano, Mohamed Diamé, Tena y Jesús Perera, entre otros. En 1970, Seeler fue nombrado Futbolista del Año por tercera vez. Temporada 2009-10. Llega al club Rubén Castro, del Huesca y José María Movilla, del Murcia, club al que es traspasado Miguel Ángel Albiol. Como en año anteriores el mercado estival se convierte en un rompecabezas para la secretaría técnica del club para la formación de un nuevo equipo tras las bajas varios pilares del equipo como Joaquín Larrivey, José Carlos Fernández Vázquez, Alejandro Gálvez, Razvan Rat, Rubén Martínez o Anaitz Arbilla y la vuelta a sus equipos correspondientes tras su periodo de cesión de Rubén Rochina y Iago Falque. En la temporada 2001-02, aunque el comienzo estuvo flojo, el Rayo logró la permanencia un año más tras una segunda vuelta sensacional de la mano de Gregorio Manzano. En el año 1978 iba a encajar la derrota más amplia en la historia de la Bundesliga al perder por 12-0 frente al Borussia Mönchengladbach.
La movilización, integración y apoyo a los jugadores por parte de la afición y del barrio de Vallecas es innegable en este periodo: pañoladas y tarjetas rojas durante los partidos, pancartas de protesta, se arrancan las letras de Teresa Rivero del estadio, se convoca una manifestación (12 de marzo de 2011) desde el Puente de Vallecas hasta el estadio con el lema «87 años de historia merecen más respeto», y se monta una cadena humana alrededor del estadio previo al partido frente al Granada. El equipo logra su mejor inicio de temporada al ganar los 5 primeros partidos y se mantiene en los puestos de arriba durante toda la competición, llegando a ser líder en cuatro ocasiones. Los usuarios pueden cambiar el cursor entre varios jugadores durante partidos multijugador libres. Las primeras palabras de Paco Jémez a sus jugadores en el entrenamiento de ese día trataron sobre una táctica inédita: les propuso ayudar a la anciana que había conmovido al barrio. Al principio, los azzurri peleaban el primer lugar con la Juventus, que trataba de escaparse en la punta. Solamente estuvo conformada por los clubes Real Madrid, Barcelona, Athletic de Bilbao, Valencia, Manchester United, Juventus, Bayern Múnich, además de los sudamericanos Santos, Corinthians, Boca Juniors y Chivas de Guadalajara.
Es eliminado por el Real Unión de Irún tras empatar a uno en Vallecas y caer por 1-0 en Irún. En el partido de Vallecas se gana por 1-0 pero en Éibar se pierde por 2-0 y el ascenso no llega. Esa misma semana, en la jornada 32, el partido en Vallecas frente al C. A. Osasuna dejó la mayor goleada del Rayo en Primera (6-0). El Rayo se salvó del descenso en la última jornada contra el Granada, gracias a un gol de Raúl Tamudo en el tiempo de descuento. El empresario asume la deuda del club y se compromete a pagar a plazos los salarios atrasados a los jugadores y cuerpo técnico, quienes llevaban toda la temporada sin cobrar, y con la esperanza de conseguir el ascenso a la Primera División. Aun habiendo problemas con los salarios atrasados de los jugadores y el cuerpo técnico, el equipo no dejó en ningún momento de estar entre los dos primeros puestos de la tabla, camiseta wolfsburg siendo líder hasta en cuatro ocasiones.